Tiene como propósito adelantar las investigaciones disciplinarias contra funcionarios y ex funcionarios de la entidad. El proceso disciplinario se rige por el Código Disciplinario Único (Ley 734 de 2002). El control Interno Disciplinario del IGAC se organiza mediante la Resolución 207 de febrero 13 de 2004, modificada por las Resoluciones 49 de enero 24 de 2007 y 415 de junio 18 de 2008.

La Oficina de Control Interno fue creada mediante el Decreto 2113 de 1993, con el fin de asegurar la eficiencia y eficacia del funcionamiento del Sistema de Control Interno y de Gestión del IGAC. Se constituye en el control de controles por excelencia ya que en su función evaluadora determina la efectividad del sistema de control de la entidad, con miras a facilitar a la alta dirección la toma de decisiones que reorienten el accionar administrativo hacia la consecución de sus fines.